Identifiquei uma falha na geração do Arquivo referente ao Controle de Encerrantes, mais especificamente na função WriteRegistroC2 da classe TPAF_C da unit ACBrPAF_C_Class. Os campos Data e Hora de emissão do Cupom só devem ser preenchidos caso haja emissão de cupom, caso contrário preencher com brancos. A função estava preenchendo apenas com o delimitador nos casos de não emissão de cupom, para resolver utilizei a seguinte função:
IfThen(STATUS_ABASTECIMENTO = 'EMITIDO CF', LFill(DATA, 'yyyymmdd'), RFill('',8)) +
IfThen(STATUS_ABASTECIMENTO = 'EMITIDO CF', LFill(HORA, 'hhmmss'), RFill('',6)) +