Boa tarde para todos.
Depois de muito testar e pesquisar e comparar cabeçalho e assinatura dos emails, vi junto com outro programador uma seguinte curiosidade que, ao altera-la, funcionou tudo como funcionava antes.
Na unit ACbrMail, linha 722 (MimePartAttach.Disposition := inline'), eu alterei o disposition para 'attachment', assim, forçando como anexo e para não utilizar recursos internos do cliente de email ou da ferramenta que irá ler.
Com isso, o indy passou a considerar o XML como anexo e não como idText. Pude salvar e manipular o arquivo.
Em outro termos....se recebo pelo outlook, por exemplo, não apresenta nenhum problema, já, se recebo pelo indy, com essa alteração não apresentou problema.
Não saberia dizer porque estava fixo como 'inline', mas apresento aqui a solução que encontrei para analise da equipe.
Estarei realizando mais testes durante todos esses dias e em caso de alguma divergência como o que disse, volto a postar.