Eu havia pensado que o PIX teria uma API padrão para notificação de transações consulta de movimentos e ETC, e existe porém somente para as instituições financeiras, e cada instituição financeira terá sua própria API para os clientes... hoje pelo menos o CNAB tem um padrão mesmo que mude um pouco de banco para banco, já as APIS que os bancos vão disponibilizar para o PIX se é que vão disponibilizar e provavelmente terá custo , serão totalmente despadronizadas...
Resumindo as automações comerciais continuaram usando o BOLETO, a não ser que a software house seja uma instituição financeira e receba os pagamentos diretamente, estou achando isso muito perigoso para as pequenas software houses.