Repondendo a minha propria pergunta pois caso alguem não tenha achado a resposta:
De acordo com o guia prático Versão 2.0.2 da EFD:
Algumas alterações no Guia Prático da EFD - versão 2.0.2
8. Reg. C170 – alteração no preenchimento do campo CST, inclusive aquisições de empresas enquadradas no Simples Nacional;
Campo 10 – Preenchimento: Nos documentos fiscais de emissão própria o campo deverá ser preenchido com o código da
Situação Tributária sob o enfoque do declarante. Nas operações de entradas (documentos de terceiros), deverá ser
informado o CST que constar no documento fiscal de aquisição dos produtos, exceto se a legislação da unidade federada
dispuser em contrário. Nas operações de aquisição de produtos de empresas do Simples Nacional, deverá ser indicado
somente o constante a nível de item (CSOSN), isto é, a tabela B do Ajuste SINIEF nº 03/2010.
Ou seja as notas de entrada deverão seguir o padrao de entrada, mesmo se vc for uma empresa lucro real ou lucro presumido e receber uma nota do simples, vc deve cadastrar a nota como receber, não pode ser feita a conversão do CSOSN para CST.