Bom dia Italo.
resolvi o problema do XML de substituição e anulação
Em anexo os exemplo do XML de Anulação e Substituição
Nota Importante:
1. Se o Pagador do Frete é contribuinte de ICMS, não precisa gerar XML de Anulação é só montar as tags:
<infCteSub><chCte>43130188313457000105570100000000641000000645</chCte><tomaICMS><refNF><CNPJ>22500126000168</CNPJ><mod>55</mod><serie>1</serie><subserie>1</subserie><nro>123456</nro><valor>5001.00</valor><dEmi>2013-03-27</dEmi></refNF></tomaICMS></infCteSub></infCTeNorm>
2. Se o Pagador do Frete NÃO é contribuinte de ICMS, não precisa gerar XML de Anulação é só montar as tags:
<infCteSub><chCte>43130488313457000105570100000060511000060516</chCte><tomaNaoICMS><refCteAnu>43130488313457000105570100000060561000060563</refCteAnu></tomaNaoICMS></infCteSub></infCTeNor
43130488313457000105570100000060571000060579-sub-cte.xml
43130488313457000105570100000060511000060516-anu-cte.xml
43130388313457000105570100000060071000060077-sub-cte.xml
43130488313457000105570100000060571000060579-sub-cte.xml
43130488313457000105570100000060511000060516-anu-cte.xml
43130388313457000105570100000060071000060077-sub-cte.xml