O número do lote você simplesmente informa no envio do evento, da mesma forma que no envio da NFe. Ele não é controlado nem validado pela SEFAZ, é apenas para controle da sua aplicação.
Então não é preciso saber qual lote foi enviada a NFe, basta informar a chave.
Para obter o XML completo, pode enviar uma manifestação do tipo Ciência, Confirmação ou Operação não realizada.
Faça a consulta no portal nacional da NFe pela chave que está tentando baixar, usando o certificado do emitente ou do destinatário para ter a consulta completa. Veja se nos eventos é mostrada a manifestação.
Veja também se a nota tem data de saída. Tem relatos no fórum que notas sem data de saída podem não aparecer.