O que está sendo usado para o provedor Agili, com base nos arquivos .ini, é o arquivo nfse_v_1.00.xsd da pasta do repositório.
O arquivo de mesmo nome que você anexou é bem parecido com ele, só acrescenta algumas informações como dados de carta de correção.
Já o arquivo nfse.xsd é idêntico ao do repositório, mas este me parece bem antigo e não é mais usado por nenhum .ini.
Alterar os arquivos de Schema não faz nenhum efeito na geração dos arquivos XML pelo componente, o XSD é usado apenas para validação do arquivo, a geração é feita toda por código.
Com base nos arquivos de schema que já constam no repositório, nfse_v_1.00.xsd para o provedor Agili e XSDAgili.xsd para o provedor AgiliV2, enviei alterações para o repositório, para gera a tag InscricaoEstadual nos dados do tomador.
Favor atualizar os fontes, testar e reportar.