Primeiro deve ser feita a anulação do CTe, de uma das seguintes formas:
- O tomador contribuinte pra o qual o CTe foi emitido envia o evento de Prestação de Serviço em Desacordo, após isso a transportadora gera um CTe de anulação;
- O tomador contribuinte gera uma NFe de anulação de valores referenciando o CTe;
- O tomador não contribuinte gera uma declaração de anulação de valores mencionando o CTe, e a transportadora gera um CTe de anulação referenciando a declaração;
- O tomador caso transportadora emite um CTe de anulação de valores.
Após isso a transportadora emite um CTe de substituição, referenciando o CTe original e o documento de anulação gerado no primeiro passo, e informando a tag indAlteraToma = 1 para indicar que houve alteração do tomador.