Pra não precisar instalar o certificado no Windows, onde você acessa pelo número de série, você pode informar direto o caminho do arquivo do certificado em ArquivoPFX, ou ainda uma URL em URLPFX ou ainda o binário do arquivo para DadosPFX.
ACBrNFe1.Configuracoes.Certificados.URLPFX := edtURLPFX.Text;
ACBrNFe1.Configuracoes.Certificados.ArquivoPFX := edtCaminho.Text;
ACBrNFe1.Configuracoes.Certificados.DadosPFX := edtDadosPFX.Text;
ACBrNFe1.Configuracoes.Certificados.Senha := edtSenha.Text;
ACBrNFe1.Configuracoes.Certificados.NumeroSerie := edtNumSerie.Text;
Creio que não...
Você consegue criar uma aplicação de teste em que o problema ocorra, e anexar aqui? Lembre de incluir as DLLs que está usando.