A rotina ACBrNFe.NotasFiscais.LoadFromFile possui dois parâmetros, o primeiro deles é o arquivo e o segundo é um tipo booleano que vai dizer se o componente deve gerar o XML novamente. Veja se não está usando o valor True para o segundo parâmetro na sua rotina. (testei das 2 formas)
Existem duas units diferentes que fazem a leitura e a geração do XML, as da pcn e as que utilizam ACBrXmlDocument. No momento que fez a instalação, você marcou no instalador a opção "Usar ACBr_XML_Document"? Se sim, está usando ACBrXMLDocument caso contrário está usando pcn. Veja se o comportamento é o mesmo com ambas. (não me lembro, como faço para testar?)
Pelas configurações do seu arquivo INI, está utilizando a configuração do WinCrypt que é recomendada para o certificado A3. Este é o seu caso? Se for certificado A1, consegue realizar um teste com OpenSSL? (uso a1, com OpenSSL dá o seguinte erro)
Se você não estiver carregando um XML, mas sim alimentando as classes e gerando o XML, é importante que não haja mais de uma ocorrência de ACBrNFe1.NotasFiscais.Add, pois para cada NotasFiscais.Add, você está na verdade adicionando mais uma nota na lista. (só carrego 1 xml ACBrNFe1.NotasFiscais.Clear; ACBrNFe1.NotasFiscais.LoadFromString(Xml);