Me permita discordar sobre o A1 com vc.
Se vc usa o A1 com CAPICOM vc podera ter esse problema sim de ter que sempre instalar o certificado.
Mas se vc usar A1 com OpenSSL, vc não precisa nem instalar o certificado na maquina.
Se vc usar A1 com OpenSSL, o certificado A1 vc pode deixar salvo no seu banco de dados e carregar diretamente ele (nao precisa nem salvar em disco) para o componente ACBrNFe.
Para mim só o fato de nao precisar instalar certificado na maquina e de ele poder ser usado por qualquer computador já torna o A1 mais interessante que o A3 e fazendo dessa maneira que mencionei acho até q é mais seguro q A3 pois não dependerá de interação nenhuma do usuário. Essa é minha opinião.
Hoje a unica vantagem que vejo no A3 para a NFe é o preço, que proporcionalmente é menor. Não muito mais é.
Sobre A1 nao gerar SPED eu já nao sei entao nao posso opnar.
[]´s