Já passei por uma situação parecida, porém foi pontual, para a nota do fornecedor havia sido enviado um evento de cancelamento e não havia chegado na SEFAZ AN, por isso nosso cliente ao checar no sistema a nota, ainda constava autorizada no webservice e no site da receita quase 6 dias depois, e na sefaz estadual já constava como cancelada.
Vale orientar o cliente que esse sistema de consulta é da Sefaz Nacional, e a mesma pode demorar para ser atualizado. Você pode comunicar a Sefaz Estadual do tempo de sincronização estar maior do que o comum.