Boa tarde Ricardo,
Você pode sim trabalhar dessa forma, mas vale lembrar que o ACBrMonitor não é Multiusuário, então mesmo controlando varias empresas deve ter esse cuidado de um método por vez...
Para Multiempresas você pode pode ter arquivos de configuração diferentes para cada Empresa (ACBrMonitor.ini) e carregar as configurações da empresa que deseja integrar, renomeando o arquivo de configuração e utilizando o método NFe.Lerini para carregar as configurações.
Outra opção é utilizar instancias diferentes, ou seja, cada empresa será uma instancia do ACBrMonitor, assim cada um terá o seu diretório de troca de arquivos e sua própria configuração.
Eu recomendo que veja as aulas do módulo 8 e 9 do curso "ACBrMonitor" que aborda esse assunto.
https://acbr.nutror.com/curso/869a0d2dddd8dee3b4174464c2ce590e9ee598ed/dominando-o-acbrmonitor/