Jhonlenon,
Fiz um teste usando o programa exemplo do componente ACBrNFSeX.
Configurei ele para a cidade Araguaína/TO e cliquei no botão [Emitir Nota (novo)] duas vezes seguida, na primeira informei a quantidade de 1 Rps, numero 1, lote 1, na segunda também informei a quantidade de 1 Rps, numero 2, lote 2.
Não ocorreu nenhum erro a não ser a rejeição de erro de autenticação, que para mim é normal uma vez que estou utilizando um certificado digital que não pertence a um contribuinte dessa cidade.
Sem encerrar a execução do programa fiz mais um teste só que dessa vez informei a quantidade de 3 Rps, numero 3, lote 3, também não ocorreu nenhum erro a não ser a rejeição já mencionada acima.