Bom dia Luna,
O XML que tem 8.34 Kbytes (menor) foi baixado do Portal da SEFAZ ou foi enviado pela transportadora?
O problema dele é que a tag xMotivo esta vazia, ela fica dentro do grupo de informações do protocolo, deveria conter a frase: Autorizado o Uso do CT-e.
Já o segundo que tem 33.01 Kbytes (maior) se trata de um retorno de uma consulta que contem a situação atual do CT-e, o XML do CT-e propriamente dito e alguns eventos vinculados a este CTE, temos 3 eventos de MDF-e Autorizado e 2 de registro de passagens.
Resumindo, o XML menor só vai ser aceito pela aplicação do contador se foi acrescentado o conteúdo da tag xMotivo.
Já o segundo (o XML maior) se faz necessário extrair o grupo <procCTe> que é o XML do CT-e propriamente dito.