Boa tarde Thiago,
Os dados a serem informados no CTe no diz respeito ao documento originário ou seja a Nota Fiscal, eletrônica ou não, estão todos no manual, portanto não se deve informar nada mais do que é pedido.
No caso da NF-e devemos informar a chave e se necessário o PIN.
Agora com relação a NF (comum) devemos informar mais dados, como numero, serie, valor, entre outros dados.
No manual do CTe não consta nada a respeito aos produtos que constam na nota, a não ser que o transporte se refere a veiculos novos.
Com relação aos impostos, a serem destados é melhor você ir atraz de um contados experiente.
E sempre pessa por escrito o que o contador te passar, para que amanhã a transportadora seja autoada e o dono e contador jogue a culpa em você.
Na pasta ...\Exemplos\ACBrCTe você vai encontrar varios arquivos TXT com fragmentos de código da minha aplicação.
Estude eles, muitas duvidas seram sanadas.
Espero ter ajudado.