Caio,
O XML a ser enviado é exatamente desse jeito, sem a tag protNFe.
Quando retorna o resultado do processamento se foi autorizado o componente inclui essa tag no XML deixando-o com validade juridica.
Uma vez que o XML só é aceito como sendo um documento valido juridicamente quando o mesmo possui os dados pertinentes a venda, a assinatura digital do emitente e o protocolo de autorização da SEFAZ.
Se o seu XML esta sem o protocolo e já foi enviado, basta realizar uma consulta, pesquise no forum que você vai achar como fazer isso.
Basicamente, basta carregar o componente com o XML e executar o comando Consultar.
Detalhe importante verifique se as 2 propriedades Salvar do componente estão com o valor True.