Bom dia @BeltInformatica,
Noto que as suas duvidas são mais fiscais do que relacionadas ao uso do componente ACBrCTe ou ACBrLibCTe ou ACBrMonitor Plus, ou seja, como informar o vICMSDeson e o cBenef.
Sendo assim o melhor caminho é conversar com os contadores dos seus clientes que emitem o CT-e.
Ao conversar com os contadores deixar bem claro que o documento a ser emitido é CT-e e não NF-e.
Eu não entendo da parte fiscal logo não sei lhe informar se existe diferenças nos cálculos do vICMSDeson da NF-e em relação ao CT-e.
Eu uma pesquisa na internet é possível encontrar não só uma explicação do que vem a ser a desoneração do ICMS como até um calculo, mas repito que o melhor caminho a seguir é conversar com os contadores.