Tive esse mesmo erro, porém no meu caso eu digitava todas as chaves da NF-e em uma só cidade, e o certo é associar cada chave de acesso na cidade de descarregamento. Você insere todas as cidades de descarregamento e depois muda pra pagina das chaves de acesso (no meu caso não prestador de serviços e inserindo NFe) associando cada uma na sua cidade que esta acima do espaço de inserir com a seguinte frase: Selecione a UF e Minicípio de descarregamento que deseja associar os documentos. Assim para cada descarga você insere a chave.