É importante ler o Roteiro... mas é muito mais importante conhecer a Lei do PAF-ECF a fundo...
Os homologadores não são os donos da verdade, eles precisam argumentar o "porque não" usando a Lei... se não está na lei, ou estiver diferente, eles não podem exigir...
Aqui em SP, na Polimig, isso não seria problema... O homologador até prefere quando a registro é "refeito", pois é mais fácil ele continuar os testes e alterar os outros campos...
Minha aplicação usa uma Trigger, after Insert ou Update no banco, o que invalida o Hash... mas nem todo banco aceita triggers...
Uma saída seria vc invalidar o Hash no Banco, quando você mesmo fizesse uma verificação na hora de gerar os arquivos... com isso ele ficaria inválido, e voltar o valor do campo não iria restaura-lo...