Acho que você não leu o tópico que eu citei !
Ali os desenvolvedores esclarecem que não existe um fundamento para que o ACBr "exclua" o certificado gravado na mídia.
Já que o seu cérebro está anestesiado e faltou um pouquinho de atenção... leia um trecho de uma das respostas que foram citadas: "Em nenhum local dos fontes do ACBrNFe2 existe algum comando para excluir o certificado, tanto que para fazer a assinatura é criado um Store em memória e adicionado o certificado que será usado neste Store temporário, mas vc pode trocar o modo de abertura para READ_ONLY para evitar qualquer tentativa de exclusão, pois o local onde o certificado está gravado estará sem direito de escrita."