Caso alguém tenha o mesma dúvida, consegui achar algo sobre e fazer um teste tbm na nota e verifiquei que validou.
"https://andav.com.br/publications/in-25-2020-processo-de-emissao-de-nf-com-as-informacoes-do-lote-no-rs/#:~:text=Os produtos iguais%2C de mesma,foram entregues de cada lote."
Pelo que consegui validar é possível sim enviar mais de um lote por produto apenas adicionando a tag para cada lote da rastreabilidade.
Não sei se essa é a única e melhor solução, porém por hora foi o que encontrei.
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