Pelo que eu entendi, é simplesmente você pegar o valor da Base de Cálculo do ICMS, no qual, já contém tudo o que faz parte dela (seguro, frete, despesas acessórias, descontos incondicionais.....) e a partir daí, realizar os cálculos que a Resolução trás.
É muito importante lembrar, que para encontrar o Valor do ICMS Desonerado, deve-se levar em consideração as CSTs que permitem a desoneração. Em cada CST tem como fazer o cálculo da redução.
Sobre o Valor Total da NF, segundo o que diz a Nota Técnica 2016.002 V 1.61, nas regras de validação, deve ser descontado o valor do ICMS Desonerado (não sei se houve alteração dessa regra).
veja:
De qualquer forma, conforme sugerido pela Juliana Tamizou, ideal seria o parecer de algum contador, talvez verificar com o contador se ele não consegue realizar alguma consulta junto a alguma empresa de consultoria ou até mesmo junto a SEFAZ do estado do Rio de Janeiro.
Att.
Matheus Orlandi