Bom dia....só hoje (04/2019), tive um problema com um sat de um cliente que teve esse caso de ter desconto e frete no mesmo pedido, e pesquisando na internet realmente era esse o problema, não pode enviar as 2 tags juntas.
Achei esse tópico aqui, sei que está muito bem esclarecido pelo colegas, mas achei um bom exemplo em outro site e vou deixar aqui também.
Para o SAT o frete é enviado na tag <vDescSubtot> ou <vAcresSubtot>, não existe uma tag específica para Frete no XML, onde de acordo com a Especificação do SAT, deve-se informar valores de desconto ou acréscimo sobre subtotal do CF-e. Os valores de desconto e acréscimo sobre subtotal são mutuamente exclusivos.
Sendo assim, não podemos enviar a tag <vDescSubtot> e <vAcresSubtot> juntas. Portanto, caso em uma venda SAT haja frete e desconto, será feito a conta: Frete (Considerado como Acréscimo) - Desconto para o envio do XML e impressão do Cupom.
Exemplo:
Em uma venda com Frete e Desconto, onde temos o Produto = R$ 40,00, Desconto = R$ 15,00 e Frete = R$ 20,00
Ao finalizar esta venda no XML a tag <vAcresSubtot> ficará com o conteúdo = 5
E a impressão do cupom mostrará um acréscimo de R$ 5,00