Vou explicar o que aconteceu:
a primeira nota foi autorizada (cliente X) a segunda NAO (deu duplicidade), mas como vc usou o XML do cliente Y para consultar, e a chave era a mesma, ele consultou o status do cliente X e nao do Y... Entretanto, o XML do cliente Y recebeu a atualizacao do protocolo, dizendo que foi autorizada...
Pode reparar no nro de protocolo é exatamente o mesmo *(e a hora tbm)*
ou seja, a nota do Y não foi emitida ainda!!! Se vc duvida, é só consultar no site da Sefaz, vale o que esta escrito la, o resto é conversa! Para evitar esse transtorno todo, e ir preso pelo Fiscal, faça o que o Marcio disse:
pode ver que elas sao diferentes no XML do cliente Y