Olá!
Fiz um teste utilizando o layout padrão. Outra coisa que observei é que, independente de eu especificar o tipo do layout, ele não faz nenhuma referência direta aos arquivos .FR3.
Eu imaginava que se ao escolher por exemplo, o layout padrão, automagicamente ele faria a atribuição do Boleto.FR3, se fosse fatura ele faria do BoletoFatura.FR3, e assim por diante. Não sei se o comportamento correto seria esse que citei também, independente do tipo do layout eu estou tratando direto na minha aplicação para saber qual modelo utilizar e passando o nome do arquivo para o componente em run time...
Outro detalhe foi que na segunda via desse mesmo modelo, o campo CNPJ não está sendo atribuído de forma correta, ficando com a mascara do conteúdo da agência/cedente.
No layout BoletoFatura.FR3, não obtive problemas, ele está gerando corretamente a informação.