Como você já fez a correção da versão nas configurações do ACBr:
ACBrNFe.Configuracoes.Geral.VersaoDF := ve400;
ACBrNFe.Configuracoes.Geral.VersaoQRCode := veqr200;
E você não pode deixar de transmitir a SEFAZ essas notas, o ideal é gerar e assinar novamente o XML com os mesmos dados apenas com intuito de modificar somente o campo versão do qrCode, para que as notas possam ser transmitidas corretamente e não haja alteração da Chave de Acesso, Valor, Data Emissão...
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