A nota fiscal em questão foi cancelada dentro do prazo legal, caso não tivesse sido com certeza este seria o melhor procedimento.
A meu ver, isso é um bug da Sefaz e deveria ser verificado.
Tanto a contabilidade da empresa em questão, quantos contadores que me auxiliam, pessoas da área, pesquisas na internet, não houve ninguém que tenha conseguido emitir qualquer documento fiscal com a mesma numeração sem levar rejeição.
Inclusive um contador que conversei ele disse que fez um procedimento que ele tem ciência que está errado, mas era a solução que ele tinha no momento, de emitir nota fiscal NF-e com a numeração já tirada para recuperar as chaves das notas que a empresa que ele presta serviço perdeu. (Quando leva rejeição é retornado a chave já emitida)
Já incluir essa modificação na lista de tarefas para impedir ou dificultar de retornar a numeração do sistema na mesma serie, até então não tem essa validação.
Verificarei o que a AF da cidade diz a respeito e também verificarei com assessoria contábil o que eles dizem a respeito e dou retorno aqui no Fórum. Devido às festividades de fim de ano, pode ser que demore um pouco para conseguir dá retorno.