Não, são dois arquivos diferentes, o arquivo da lista de autenticados e o arquivo onde fica a lista de todos os .exe e .dll que você utiliza é que executam algum requisito do paf-ecf, Requisito IX do roteiro. Este arquivo é gerado pelo componente ACBrPAF.
O arquivo criptografado e outro, nele ficam os dados da software house, ecf e md5 do arquivo gerado acima, este está no Requisito XXII item 4 do roteiro. Este ultimo é controlado pelo componente ACBrAAC.
Quando você liga o ACBrAAC ao ACBrPAF e no ACBrAAC você preenche a lista de outros arquivos autenticados e possível pela rotina que mostrei no tópico viewtopic.php?f=12&t=5655 efetuar a geração do arquivo, o componente ACBrPAF vai ler a lista de arquivos do ACBrAAC, calcular os MD5 e gravar o arquivo, não é automático, tem que seguir a rotina descrita no tópico que citei.