No caso do sped e geração desses registros para a nota de consumidor você deve acatar o CFOP conforme a situação fiscal do produto considerando sempre como venda, então você usaria por exemplo o 5102 para venda tributada, 5405 para venda por ST e por ai vai, base de redução e os outros a mesma situação, você deve analisar a situação do produto.
Mas isso também abre pretexto para longas conversas e entendimentos a respeito de cada situação, uma coisa que tenho adotado em meu sistema é o seguinte, deixar isso com uma configuração feita pelo usuário e assim ele e o contador dele entram em um entendimento e configuram o sistema para fazer o que acharem melhor.
Trabalho com cerca de 380 escritórios contábeis no meu software de contabilidade e cada escritório ou grupo tem um entendimento, por isso sempre deixo isso de uma forma configurável pelo usuário e contador.