Acho que o que o fiscal do PROCOM não gostou foi de ter que colocar os ".", mas em minha opinião ele não pode lhe multar por isso, SE o CPF/CNPJ estiver saindo corretamente na abertura do cupom ou no fechamento e estiver realmente vinculado ao cupom fiscal, o que pode ser facilmente checado gerando um arquivo MFD ou MF da impressora fiscal.
Agora só lembrando, alguns modelos não vinculam o CPF/CNPJ no fechamento, somente vinculam se for informado na abertura do cupom, isso ele pode pegar no pé.
Agora quanto a forma de digitação no seu sistema, isso não diz respeito a ele, se o CPF/CNPJ estão saindo no cupom no local correto e vinculando, não importa se você informa ".' para todo o resto, mas isso é opinião minha, baseado no que conheço da legislação e homologação.