Vamos lá sergio.
1) Essa sefaz não fica sempre ativa, a sefaz que está indisponivel precisa ativar algo lá pra ela começar a funcionar, eu sempre dou preferencia por utilizar essa modalidade, porque ela sincroniza tudo automatico, evitando hoje os processos que temos com EPEC e tudo mais.
O mdfe consegue gerar normalmente, porque ela meio que manda isso em tempo real, Digamos que a contingência já envia pra base nacional e depois a base estadual busca essas informações e sincroniza na base interna... Então não tem delay de tempo nem nada.
Não sai nem em observação nem nada que é contingencia, inclusive se vc pesquisar no www.cte.fazenda.gov.br normalmente entra na hora.
Então, não se faz necessario o uso de papel moeda.
Único contra, é que as vezes a sefaz que tá com problema demora pra ativar esse método de contingência, algumas vezes demoram horas, ou até mesmo dias... No caso de MG, sempre que é parada programada eles ativam a contingencia já pra serem enviados.