Oi Juliana, tudo bem?
Na verdade, apenas para corrigir, o único erro no arquivo do ACBr é a linha 715 (Número da versão do layout do lote) que está definido por 040, entretanto, ao enviar para homologação, recebemos a informação que o layout atual é a versão 045.
Outra coisa que havíamos mudado era a linha 688 - o manual informa que deve ser preenchido em branco (e de fato está assim no código do ACBr), porém, no validador de arquivos, o mesmo informa que neste local deve ser preenchido com número inteiro. Desta forma, alteramos para 0 e o validador passou a funcionar corretamente.
Em contato com o suporte do banco, o mesmo informou que este valor realmente deve ser em branco, portanto peço desculpas pelo erro no arquivo.
MORAL DA HISTÓRIA: Para funcionar o validador, tem que colocar 0 na linha 688 - para enviar, de fato os arquivos, deve-se manter em branco esta mesma linha.
A única mudança, de fato, que precisa ser feita, é a versão do Layout, passando e 040 para 045 (com base no próprio erro que o Sicoob retorna).