O DigestValue só muda se vc mudar algo no XML, se mudar apenas um caracter o DigestValue será outro.
No seu log vc cria o arquivo 23160106015994000104550010000559591000559590 envia e autoriza, depois vc chama o comando NFE.CriarNFe pra mesma nota passando outra hora de emissão(1ª - Emissao=18/01/2016 10:13:12 2ª - Emissao=18/01/2016 10:13:14) dae vc tenta enviar essa nota e recebe erro de duplicidade, então vc tenta consultar(o último XML e diferente do primeiro q foi autorizado, por isso o digest diferente) e recebe o erro.
O erro não acontecia nas versões antigas pq antes o componente não fazia essa validação e vc teria um XML inválido apesar de estar com a autorização de uso.
De qualquer forma, vc pode desabilitar esta validação, basta desabilitar a opção "Validar Digest Value ao consultar XML" na aba "Geral" do DFe.