Acredito que tanto tributação monofásica quanto substituição tributária se encaixam no caso abaixo, então continuo não concordando com a alteração.
Fonte: http://www.fazenda.sp.gov.br/sat/duvidas_frequentes/OrientaçõesLeiauteCF-e_v00.08 (1).pdf
Se baseando no EFD Contribuições, a alteração não se basearia apenas nos CST 04/06/07/08/09 teria que prever os CST 02/03/05.
Fonte: http://sped.rfb.gov.br/estatico/10/B7FA746B18CF05B348CF281B1677F71BAEB435/Perguntas%20e%20Respostas%20EFD%20Contribui%c3%a7%c3%b5es.pdf
Sem um posicionamento claro da Sefaz de SP, as alterações não serão adicionadas aos fontes do ACBr, entenda que devemos evitar que os fontes do ACBr gerem informações que não estão de acordo com a legislação, e quando o assunto está numa área cinza, é melhor não adotarmos como oficial.