Sobre o erro "O emissor deste certificado não pôde ser encontrado" provavelmente falta instalar a cadeia de certificados da Caixa.
Sobre o erro "CNPJ emitente nao cadastrado", o cliente efetuou o credenciamento no SEFAZ?
As demais perguntas sobre o certificado, entre em contato com o suporte da caixa e peça esclarecimento pra eles, pq por mais que fale que tudo é mentira, se algo der errado com o certificado o contador do cliente vai jogar a culpa em você dizendo que vc não seguiu as orientações que ele passou, mas, falando com o suporte do emissor do certificado, o contador não poderá contradizer uma informação oficial.