Provavelmente seu sistema vai gerar um TXT para integrar tanto com o emissor gratuíto ou com algum site que forneça o serviço, no momento que vc gerar esse arquivo vc pode dar baixa no estoque e depois ter uma rotina para confirmar que a nota foi emitida ou cancelar a transação e desfazer a baixa de estoque.
Se vc usa delphi o projeto ACBr possui o componente ACBrNFe que permite que vc emita a nota de dentro do seu sistema, se usa alguma outra linguagem vc pode usar o ACBrNFeMonitor, que aceita que a nota seja emitida no layout fornecido pelo SEFAZ http://www.emissornfe.fazenda.sp.gov.br/v2/docs/[Emissor_NF-e]_Manual_de_layout_TXT-NF-e_v2.0.1.pdf
ou pelo formato próprio http://anfm.blogspot.com.br/2009/09/campos-para-criar-uma-nfe-usando-o.html
Para baixar do ACBrNFeMonitor entre na área de downloads do fórum - http://www.projetoacbr.com.br/forum/index.php?/files/category/1-utilitários-acbrsac/