Efetuei alguns testes e o netbeans e está encontrando a /usr/lib/libACBrFramework32.so só que não consegue carregar. Verifique se o nome da sua biblioteca está dessa mesma forma, por que se estiver tudo em caixa baixa "libacbrframework32.so" não encontrara o arquivo. Com relação as a chamada feita pela classe Intercetop pode ficar da mesma forma que está no projeto "ACBrFramework32".
Eu ainda não tive tempo de fazer com que compile a biblioteca no linux, se possivel compartilhe o seu código para que possamos trabalhar juntos.
segue o erro retornado pelo netbeans:
Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError: Error looking up function 'ECF_Create': /usr/lib/libACBrFramework32.so: undefined symbol: ECF_Create
at com.sun.jna.Function.<init>(Function.java:179)
at com.sun.jna.NativeLibrary.getFunction(NativeLibrary.java:391)
at com.sun.jna.NativeLibrary.getFunction(NativeLibrary.java:371)
at com.sun.jna.Library$Handler.invoke(Library.java:205)
at sun.proxy.$Proxy0.ECF_Create(Unknown Source)
at jACBrFramework.serial.ecf.ACBrECF.onInitialize(ACBrECF.java:3569)
at jACBrFramework.ACBrClass.<init>(ACBrClass.java:22)
at jACBrFramework.serial.ecf.ACBrECF.<init>(ACBrECF.java:30)
at jACBrFramework.Test.Program.main(Program.java:53)
Java Result: 1