bom dia.. alfredo..
Primeira coisa, que voce tem de saber. o que realmente é manifestacao de notas..
Manifestação do Destinatário é um conjunto de eventos que permitem que o destinatário da Nfe possa se manifestar sobre a sua participação
comercial descrita no documento fiscal, confirmando e controlando as operações e informações prestada pelo seu fornecedor, que é o emissor do domento.
Para tanto , voce precisa ter um certificado digita para poder fazer isso.
https://acbr.sourceforge.io/ACBrMonitor/DistribuicaoDFe.html
voce pode desenvolver com as ferramentas do acbr, ou pegar o programa que o big indicou , que é o programa gratuito do sefaz.
quando voce diz que o contador faz isso, porque o sistema fiscal dele tem essa rotina.
caso voce quizer uma explicacao melhor, estou a disposicao.