boa tarde..
vou dizer o que fazemos no nosso sistema de Erp-Matos, que ja desenvolvemos ha muitos anos, e temos varios representantes e clientes.
trabalho com ferramenta Windev-Webdev-Mobile, mas isso se aplica a qualquer linguaguem.
No nosso banco de dados, temos uma tabela chamada, xml_nfe, xml_cte,etc..
quando o cliente trasmite a nota fiscal, essa nota fiscal , ja fica no banco de dados.
e ai voce tem varias opcoes..:
1. no nosso o cliente, entra no comeco do mes, e clica em enviar xml para contador, e ele automaticamente le o banco , pego o xml e mando para contador.(isso pode ser feito 1 vez por mes ou todo o dia)
outra opcao que voce pode fazer, é criar uma pagina na internet , em que la estarao todos os xmls feitos, pois voce pode pegar o xml, e mandar por ftp para la.. isso é uma opcao que estou desenvovlendo para nossos clientes e representantes.
espero ter ajudado.
valeu.