Em fastReports tem o layout parecedido com o da prefeitura (só uma observação)
Mas quando tem Retenção municipal ou federal, sempre vi ser descontado, pois quem irá recolher isso é o tomador do serviço, no caso, o tomador está pagando duas vezes o valor.
Nesse caso o Valor do Financeiro teria que ser deduzido (boleto)
Verifica com a contabilidade em questão.
As seguradoras quando você emite nota para ela aqui, por mais que você não retenha o ISS, (ela sendo de fora do município), o repasse elas já fazem deduzido. (só uma observação)
Mas o Layout da Ginfes em outras prefeituras já vi ter o campo de valor liquido na impressão pelo site, pode ser algo especifico da sua cidade.