Bom dia,
O fato de outros fazerem errados não justifica você ser obrigado a fazer o erro, esse é o primeiro ponto.
Caso, seu contribuinte realmente queira fazer isso, não é apenas "por gosto ou a critério dele", ele tem que antes de tudo, fazer um termo de ocorrência junto ao fisco, para só depois disto passar a não emitir a via do estabelecimento, a lei está clara, e deve cumprir, tem 2 caminhos apenas.
E se ele perder algum desses documentos em sua guarda, ele tem o termo junto ao fisco protocolado, que ele é o responsável.
Fora isso, é ilegal, se chegar fiscalização possivelmente será autuado.
O segundo ponto, é pegar apenas um paragrafo da legislação e examinar ela separadamente, fica sem contexto.
Ainda acho que imprimir a segunda via, é menos problemático do que fazer todo o rito acima.
Abraços