Sim, muitos relatos de falhas nos clientes.
Não recomendo ninguém utilizar o UPX. Tem vários motivos, mas os principais são:
Hoje isso é de maneira geral desnecessário. O valor do armazenamento é barato e a internet muito melhor do que era entre 1996 a 2007. Ninguém se importa tanto com um aplicativo de vários MB de tamanho.
Gera muitos falsos positivos em antivirus. Como a compactação é muito usada por vírus, keyloggers, keygens, crackers, etc..., boa parte dos antivirus detectam aplicativos compactados com UPX nos seus algorítimos heurísticos como ameaça. (Se você usa Delphi, isso chega a ser até pior)...
Ele pode causar uma sobrecarga em processamento, visto que precisa descompactar o executável na memória.
É claro que cada caso é um caso... mas de modo geral, é desnecessário e não desejado.