Olá Fernando,
Então, já vou logo dizendo que não sou especialista nem nada de legislação. Mas programador como você.
Ainda assim, eu fui procurar as fontes dessas leis aí que você citou (Convênio ICMS 85/01 (cláusula 3ª, inciso XI, alínea “h”) pelo Convênio 29/07, de 04 de abril de 2007).
O que percebi é que a lei do IAT é de 2007, sendo acrescentada ao Convênio ICMS 85/01 uns 6 anos depois. Logo a MP2100 pode ter sido homologada como ICMS 85/01 em 2006 e ainda assim estar dentro do convênio ICMS 85/01 mas não ter o IAT.
Contudo, não sei se é preciso alguma atualização do Software Básico pra continuar homologado. Mas creio que deve ter algo parecido...
Em geral, no entanto, os ECFs permitem a configuração do truncamento/Arredondamento. Só não deixam fazer isso no mesmo comando de venda de item.