Olá,
Bom, em primeiro lugar, olhando o guia prático, a forma correta a ser preenchida seria imComDados se você precisa informar o registro 1010. Se você vai preencher com N ou S, não faz diferença. Mas colocando um registro abaixo do 1001, qualquer que seja, então você precisa preencher com imComDados.
Agora, será que não está confundindo o registro 0990 com o 9900? O 0990 é o finalizador do bloco 0, daí acho que não deve entrar a contagem de registros de outros blocos certo? Mas se não está contando no 9900, então realmente temos um problema.
Estou sem acesso ao código do componente aqui neste momento, mas lendo o guia prático 2.0.8 acho que encontrei algo que poderia explicar isso. Vou pedir pra você (ou outro usuário) verificar, por favor, até que eu possa fazê-lo.
Parece que o registro 1010 é obrigatório somente a partir de Julho de 2012. Assim, embora esteja sendo contado nos registros 1990, talvez não esteja sendo contado nos registros 9900.
Outra possibilidade é que a parte que faz a contagem dos registros 1010 não esteja realmente implementada, justamente por ser um registro novo. Como ele não consta no exemplo, ninguém percebeu ainda essa inconsistência.