Olá Ezequiel,
Estive relendo essa parte do guia prático. Aliás, a versão disponível o site do SPED é a 1.0.9 e não 1.0.10...
Enfim, relendo a parte do A100, não ficou claro que notas de terceiros canceladas deveriam ter os dados do terceiro informados como você sugeriu.
Veja novamente:
Essa regra não parece se limitar a notas próprias, mas sim sobre todos os documentos cancelados.
Já a segunda parte que você citou fala sobre como detectar dois registros repetidos e não afirma nada sobre registros cancelados.
Então acho que, a menos que o PVA valide sua alteração, você não deveria fazê-la. Você corre o risco de transformar um arquivo válido em inválido ao enviar para o fisco.
Finalmente, admito que também tive a mesma impressão a princípio que você. Se esses campos são considerados "formadores da chave de registro" eles deveriam ser obrigatórios sempre que se aplica. Mas a situação parece apontar justamente para o outro ponto de vista.