Essa é uma parte da legislação que confunde muito até alguns contadores. Uma vez perguntando ao contador de um cliente sobre o assunto, ele não soube dizer nem se podia converter...
Acho que deveria ter uma legislação ou pelo menos orientação mais clara para preencher os documentos fiscais nesse sentido. Fica difícil ter sempre que modelar alguma coisa no software pra só depois descobrir como é que pode e não pode...
Acho que o ideal é ter uma tabela de conversão no BD com unidades padrões e daí o usuário acrescentar quaisquer outras unidades de acordo com elas.
Ex. Haveria a unidade Metro e se o cliente usar, poderia acrescentar Quilometro, Léguas, Milhas, centímetros, etc. juntamente com seu fator de conversão.
Mesmo assim, esbarraria no problema de precisão ao converter de unidades muito grandes para muito pequenas (toneladas para gramas por exemplo) ou vice-versa.