Olá Luiz,
Como você mesmo descobriu, o problema não é na parte do FlushFileToDisk. Poderia ser se você não tivesse atualizado seu código e estivesse sendo usado o Flush do Drive inteiro.
O que poderia ser então? Lógico que sem ver a máquina é difícil de dizer, mas eu começaria a olhar por coisas benignas (Antivírus, Firewall, AntiMalware, aplicativos de proteção bancária, aplicativos de aceleração que varrem os arquivos mais utilizados) e vírus e Malwares...
Falando sobre antivírus, eu me lembro de ter tido um problema parecido em um cliente. O detalhe era que mesmo desabilitando o Antivírus, ele ainda continuava varrendo os arquivos. Não bastava marcar o Antivírus para ficar inativo por um tempo. Nós tivemos que colocar o executável, o banco de dados, os arquivos temporários do TEF e o arquivo AAC na lista de arquivos confiáveis dele.
Finalmente, resolvemos trocar de antivírus e resolveu... Só que já não me lembro qual foi o antivírus...