Eu tinha certeza que já tinha visto esse problema antes. Veja:
Acho que foi alguma correção no LFill que modificou a situação e agora se faz necessário passar o a máscara manualmente. Se isso for assim, vários outros campos que precisam de uma precisão maior (com 3 ou mais casas) começarão a dar problema. Por exemplo, no Registro C170, esse é o caso dos campos ALIQ_PIS_PERC, QUANT_BC_PIS, ALIQ_PIS_R, ALIQ_COFINS_PERC, QUANT_BC_COFINS e ALIQ_COFINS_R. Só por garantia, você pode fazer um teste com esses campos e verificar se eles estão sendo gerados com o número de corretas?
Não vejo necessidade. Acabei de conferir no Guia Prático e deve ser gerado com 4 casas. Então, dado a situação acima, sua correção está correta. Queira anexar o arquivo atualizado e corrigido, por favor.