Esse tipo de dúvida deve ser tirada com um contador de confiança, ou com o contador de seus clientes. Não podemos nos responsabilizar por informações prestadas de natureza que não relacionadas com um dos componentes e sim com a legislação tributária/contábil do Brasil. Eu por exemplo não sou contador e por tanto, possivelmente não uma fonte confiável sobre o assunto .
Agora, dito isso, normalmente quando se cita um NCM com menos caracteres, ele é mais abrangente que o outro com mais caracteres, pois este último na realidade é uma especificação do primeiro. Assim o uso do CEST relacionado com o NCM mais abrangente estaria correto.