Boa tarde,
Encontramos uma solução que relatarei aqui para caso alguém incida em um problema similar.
Quando o PHP utiliza a lib ACBrLibNFSe, por algum motivo a janela criada fica atrelada ao pid do PHP, então, mesmo após a lib ser encerrada, esta permanece aberta.
A solução em Laravel é utilizar um processo isolado e que possa ser finalizado após a execução da lib. Isso pode ser realizado facilmente com o uso da fachada Concurrency (https://laravel.com/docs/11.x/concurrency), sem a necessidade de manipular a linha de comando manualmente.